A loja franca fica obrigada a ressarcir o Fundo Especial de Desenvolvimento e Aperfeiçoamento das Atividades de Fiscalização (Fundaf), criado pelo Decreto-lei no 1.437, de 17 de dezembro de 1975, em decorrência das despesas administrativas relativas às atividades extraordinárias de fiscalização, em montante resultante da aplicação dos seguintes percentuais sobre a receita bruta com vendas em unidades de portos e aeroportos alfandegados:
I - mercadorias de origem estrangeira: 6% (seis por cento);
II - mercadorias de origem nacional, inclusive as exportadas e entregues pelo adquirente estrangeiro, em consignação, para admissão e venda no regime de loja franca: 3% (trinta por cento).
1º Permanecem inalterados os percentuais de recolhimento do Fundaf fixados antes da data da publicação da Portaria MF nº 204, de 1996, para as lojas francas que se encontravam em funcionamento naquela data.
2º O sistema de controle operacional da loja franca deverá diferenciar as mercadorias de origem estrangeira, as de origem nacional e as de origem nacional exportadas e entregues, em consignação, para admissão e venda no regime de loja franca.
